随后滇军在四川战败，北洋军攻占重庆，顾品珍率滇军第1军及耿金锡、李友勋两个旅攻克重庆，北洋军退出四川。
12月4日，滇黔联军进入重庆，向川南进击，于12月14日占领泸州。
12月21日，川军熊克武、但懋辛、石青阳等通电加入靖国联军，推举熊克武为四川靖国各军总司令，并推举唐继尧为“滇川黔靖国联军”总司令。
1918年1月9日，熊克武召集川、滇、黔靖国各军将领在重庆开会，决定兵分三路，直取成都。2月20日，三省联军攻入成都，刘存厚等部退往陕南汉中地区。至此，唐继尧以夺取和控制四川为目标的靖国战争基本结束。唐继尧为了牢固地控制四川，并进一步向陕西、湖北扩张，便以商讨北伐为名，决定于1918年9月在重庆召开川、滇、黔、鄂、豫五省联军会议，并就任“五省联军总司令”职。
因为唐继尧的压迫引起了川军的不满，因此川军将领决定武装反对唐继尧的统治，双方爆发了战争，史称“靖川之战”。
到10月3日，滇军战败，其残部退出了四川。
1916年，进占广东的云南护国第二军改编为驻粤滇军，滇军以将领张开儒、方声涛为首驻扎广东，分别被唐继尧编为滇军第三师、第四师。
1917年春夏间，段祺瑞以武力威逼国会、驱逐总统，孙中山发出护法号召。驻粤滇军将领张开儒于6月11日及时发表通电，指出:“欲保障共和，必先保障国会”，要求西南各省“速兴义师，大张天讨，以全力拥护国会”，驻粤滇军支持护法运动的态度与滇系首领唐继尧的态度发生冲突。
唐便以云南督军身份，下令免去张的滇军第三师师长职务，这一做法激起了驻粤滇军内部的分化，驻粤滇军中的革命民主派反对撤换张开儒，要求唐继尧“收回成命”。
桂系和政学系用突袭方式强行剥夺张的兵权，逮捕张开儒，枪杀崔文藻，派兵洗劫军政府陆军部机关。
1920年2月10日，唐继尧正式下令免去李根源的军长之职时，李根源拉拢部分滇军军官、依靠桂系莫荣新的武力保护，抗拒新任滇军总司令李烈钧接任。
桂系岑春煊、莫荣新以军政府主席和粤督名义，命李根源继续统率滇军，结果导致驻粤滇军内部分化出来的两派发生了激战，互相火拼。
此后，驻粤滇军正式分裂为对立的两个部分，李烈钧、朱培德等人率领拥唐滇军战后退入湘南，该部约占驻粤滇军的五分之三。拥护李根源的滇军约占五分之二，在桂系的卵翼下改编为“海疆军”，后被响应孙中山护法号召的陈炯明粤军消灭 。
1921年，驻川滇军被川军打败撤离四川后，2月6日发生了驻川滇军第一军军长顾品珍一举驱逐唐继尧下台的事变，事变后滇军分裂为拥顾派和拥唐派。
