其实，事前弗朗西斯科已经通过征服阿芝台克人获得了印加正在爆发内战的秘密，因此他意识到这是征服印加帝国的最好时机。在Cajamarca城外，一些西班牙官员见到了印加统治者Atahualpa，而且Atahualpa同意在城里接见弗朗西斯科。
西班牙人很快就进入了这座废弃的小镇，并且很快就各就各位。当印加人到来的时候，弗朗西斯科邀请Atahualpa共同进餐。令他们惊喜的是，Atahualpa不仅接受了邀请，而且声称他的随从将不带武器。
当他到了的时候，一个牧师企图劝他信奉基督教。这其实是一个进攻的信号。在30分钟之内，3000个印加人全部被杀。一个帝国就因为这样的一个事件开头而渐渐的走向没落了。
今日印加帝国最著名的遗址为建在马丘峰和华伊纳峰之间的马丘比丘。库斯科城则因西班牙殖民时期的破坏，仅剩一些建筑废墟，但城中保存了一块“十二角石”，称为“哈图姆鲁米约克”，考古学家相信它是印加历法计算工具的一种。
时至今日，马丘比丘仍然是窥知远古印加文明的最好地方。同时，这座山上城市也有着很多地方让现代人疑惑不解？
印加帝国的建筑诸如通道、水渠、水道、渡槽、道路、客栈、仓库以及改善农业体系的重要设施，保证了日趋增长的人口的需求，同时有利于其他部族的臣服。尽管印加王自库斯科地区推行了一些艺术和建筑模式，如壁龛、不规则四边形的门窗、双侧柱门，但应该肯定，印加帝国的文化汇总了千年传统并达到了顶峰，今天展出的陶器艺术就证明了这一点。
印加帝国主要信仰太阳神，并自认为是太阳神的后裔。传说中太阳神派了他的一对儿女曼科卡帕克和马奥克约向印加人民教导历法、律制等。每年的6月24日是印加帝国最重要的节日－太阳节，印加人民会在这个时候把自己的农作物和家畜献祭予太阳神，感谢太阳神每年赐阳光到大地，令动物可以成长和农作物可以丰盛。
中美洲墨西哥的阿兹特克人与印加人一样，都是膜拜太阳神。而尤卡坦半岛的玛雅人则不然，玛雅人是膜拜羽蛇神（但印加人也有类似羽蛇神的神祇：创世神--维拉科查）。而玛雅人和阿兹特克人都有大规模活人献祭的宗教仪式，印加人倒没有，印加人会把自己贵重的物品，黄金，或者农作物和家畜献给神明，却不会把人的生命作献祭。
根据考古发掘，当时印加帝国有青铜器皿和刀、镰、斧等劳动工具，其冶炼铸造技术相当精巧。印加人也有发达的农业灌溉系统，绵延的驿道等。考古学家大都认为印加人的建筑技术、医学、织布和染色技巧相当发达。
